Kooplieden en vaklui zien aan het begin van de zeventiende eeuw het belang van een goede wetenschappelijke instelling die hun kinderen schoolt, de regionale handel kansen biedt en het welvaartsniveau van de samenleving als geheel verhoogt. Zij geloven in de kracht van hoger onderwijs, brengen geld en andere schenkingen bijeen en stichten een onderwijsinstelling in hun stad.
Aan de basis van Stichting Amsterdams Universiteitsfonds staat een grote inzamelingsactie in 1889. Doel van deze inzameling is de bouw van de vroegere Aula van de Universiteit van Amsterdam in de Oudemanhuispoort. De actie levert ruim voldoende geld op, waarna de resterende fondsen onder het beheer komen van de Amsterdamse Universiteits-Vereniging. Het vermogen van deze vereniging breidt zich in de loop der jaren uit met fondsen die worden verkregen uit giften en legaten. Uit de revenuen worden subsidies en beurzen verstrekt voor onderwijs, onderzoek, studentenactiviteiten en bijzondere projecten van de universiteit.
Vanaf 1998 beheert de Stichting AUV-Fonds de vermogens van de verschillende deelfondsen. Deze stichting wordt in 2007 omgedoopt tot Stichting Amsterdams Universiteitsfonds. Met de naam wijzigen ook de statuten en structuur van het fonds. Dat gaat zich behalve op het beheer van fondsen actiever richten op fondsenwerving.